Es el órgano máximo de gobierno de la FLACSO. Está integrado por representantes de los Estados Miembros del Acuerdo sobre la FLACSO (Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Costa Rica, Cuba, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Panamá, Paraguay, Perú, República Dominicana, Surinam y Uruguay). A la Asamblea General le corresponde determinar la política general de la institución y las relaciones de la FLACSO en tanto persona jurídica internacional. Sus reuniones ordinarias se realizan cada dos años, en distintos países de la región.

Son Estados Observadores de la FLACSO, China y España.