El Consejo Superior se conforma con los representantes de siete Estados Miembros (Argentina, Brasil, Chile, Costa Rica, Ecuador, Guatemala y México) y por seis distinguidos(as) académicos(as) latinoamericanos electos como Miembros a Título Individual. También forma parte del Consejo Superior el(la) Presidente(a) del Comité Directivo.

El Consejo Superior determina la política académica de la FLACSO. Examina y aprueba los informes anuales y el presupuesto. Revisa las relaciones de la FLACSO con los Estados Miembros. Tiene facultades reglamentarias. Se reúne ordinariamente una vez al año.

Actualmente, las personas Miembros a Título Individual son: 

Francisco Valdés (2022-2026), de México, Presidente del Consejo Superior
Simón Pachano (2022-2026), de Ecuador
Rebecca Lemos Igreja (2022-2026), de Brasil
Roberto Russell (2022-2026), de Argentina
Janaina Tewaney (2024-2028), de Panamá
Wilfredo Lozano (2024-2028), República Dominicana