El Comité Directivo está compuesto por el(la) Secretario(a) General y los(as) Directores(as) de las Sedes, un(a) representante de los Programas y un(a) representante del cuerpo académico de la Facultad. Elabora los planes y programas académicos, presenta al Consejo Superior los informes y presupuestos anuales y autoriza los nombramientos del personal institucional. El Comité Directivo realiza tres reuniones ordinarias presenciales al año. 

Actualmente, los(as) Directores(as) del Comité Directivo son:

Sede Argentina: Valentina Delich (2022-2026)
Sede Brasil: Rita Gomes do Nascimento (2022-2026)
Sede Chile: Fabricio Franco Mayorga (2020-2024); Presidente del Comité Directivo
Sede Costa Rica: Ilka Treminio (2016-2024)
Programa Cuba: Marta Rosa Muñoz Campos (2017-2025); Representante de los Programas
Sede Ecuador: Felipe Burbano de Lara Correa (2020-2024)
Programa El Salvador: Wilian Pleites (2023-2024)
Sede Guatemala: Virgilio Reyes (2020-2024)
Programa Honduras: Rolando Sierra (2022-2026)
Sede México: Gloria del Castillo (2022-2026)
Programa Paraguay: Magdalena Rivarola (2017-2025)
Programa República Dominicana: Cheila Valera (2022-2026)
Programa Uruguay: Ana Gabriela Fernández Saavedra( 2022-2026)