FLACSO, como organismo internacional de carácter intergubernamental, multilateral, regional, autónomo, académico y plural, tiene entre sus objetivos fundamentales el establecimiento de alianzas estratégicas orientadas a la cooperación internacional, técnica y académica.

FLACSO viene trabajando en diversos mecanismos de cooperación internacional con:

• Estados miembros.
• Estados Observadores.
• Instituciones Académicas.
• Socios para el Desarrollo.
• Organismos internacionales.

FLACSO promueve, alianzas globales, regionales y locales que permiten potenciar los esfuerzos desarrollados en diversos ámbitos como programas de formación y capacitación, investigaciones, seminarios internacionales, publicaciones, entre otras acciones relevantes.